Coronavirus, come funzionerà la task-force italiana per lo studio delle varianti
Articolo del 03 Febbraio 2021
Si analizzeranno eventuali mutazioni per capire fenotipicamente se ci sono stati adattamenti evolutivi e di che tipo (contagiosità, letalità e così via). Un database contenente le sequenze italiane verrà messo a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo.
Per ora, in Italia, le varianti conosciute del coronavirus che allarmano il mondo sono tecnicamente «confinate». Ma data la sua vasta circolazione il rischio che prendano piede anche qui incombe e le autorità sanitarie sanno che per comprendere appieno la trasmissione e l’evoluzione del virus sono necessari il sequenziamento e l’analisi del genoma virale, elementi cruciali circa l’andamento della pandemia. Di questo dovrà occuparsi il neonato consorzio per la «genotipizzazione e fenotipizzazione di Sars-CoV-2 e per il monitoraggio della risposta immunitaria alla vaccinazione».
Primo passo per una banca biologica
Coordinata dall’Istituto superiore di sanità, l’iniziativa vede il patrocinio della Società Italiana di Virologia che si farà parte attiva per riunire le competenze virologiche, cliniche, di base, veterinarie e bioinformatiche presenti in Italia. Il consorzio nasce nell’ambito del Tavolo tecnico per la sorveglianza viro-immunologica di infezioni emergenti, istituito al ministero lo scorso 19 gennaio su input del viceministro alla Salute Pierpaolo Sileri. Per stare addosso il più possibile alle varianti in circolazione i ricercatori coinvolti dovranno avviare una banca biologica, puntando a raccogliere informazioni su cui altri Stati hanno messo a lavoro team specializzati.
L’avamposto Genomic UK
«Un sistema di sorveglianza epidemiologica classicamente raccoglie dati clinici ed epidemiologici sulle persone positive al virus», racconta Massimo Ciccozzi che è responsabile dell’Unità di Statistica medica ed Epidemiologia dell’Università Campus Bio-Medico di Roma. «Il numero di campioni richiede una rapida capacità di sequenziamento per mezzo di laboratori attrezzati per analizzare l’intero genoma virale». In Inghilterra le cose si sono mosse per tempo e con risultati di tutto rispetto. «Già nello scorso aprile è stato istituito il consorzio Genomic UK (COG-UK) unendo conoscenza ed esperienza delle agenzie di sanità pubblica del Regno Unito, di hub universitari e di grandi centri di sequenziamento come il Welcome Sanger Institute». A metà di gennaio il consorzio inglese aveva messo sotto la lente più di 200.000 genomi SARS-CoV-2. L’introduzione in case di cura, università, ospedali «ha permesso il monitoraggio e l’analisi di varianti virali sviluppando strumenti di bioinformatica e condivisione dei dati liberamente disponibili», spiega Ciccozzi.
Un database per i ricercatori stranieri
In sostanza, viene messo su ora da noi un gruppo di studio sulla falsariga di quello Inglese per la sorveglianza viro-immunologica del Covid-19 e delle infezioni emergenti. «Nel consorzio saranno impiegati i laboratori di virologia regionali attrezzati per la produzione delle sequenze genomiche e con tutte le informazioni epidemiologiche che servono per fare delle analisi filogenetiche e bioinformatiche, cosi da poter capire se e dove ci può essere una circolazione di ceppi virali varianti, fare una analisi di mutazioni per capire fenotipicamente se ci sono stati adattamenti evolutivi e di che tipo (contagiosità, letalità e così via). E così si costituirà anche «un database contenente sequenze italiane messe a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo».
Pronto nuovo software italiano
Intanto dall’Italia arriva un nuovo software per facilitare lo studio delle varianti del virus SarsCoV. Lo strumento, accessibile a tutta la comunità scientifica, si chiama CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool) e permette di confrontare le sequenze genomiche di uno o più virus in pochi secondi, identificando le differenze e predicendone le possibili conseguenze sull’attività del virus. Il risultato, che potrebbe avere implicazioni per lo sviluppo di terapie e vaccini, è pubblicato sulla rivista Bioinformatics dai ricercatori dell’Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ibiom) di Bari, dell’Università Aldo Moro di Bari e del Dipartimento di bioscienze dell’Università Statale di Milano. «CorGAT consente di confrontare le sequenze di uno o più virus in pochi secondi ed esegue in maniera rapida e veloce l’annotazione funzionale del genoma di Sars-CoV-2, un processo che è in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali», afferma Graziano Pesole del Cnr-Ibiom. Applicando CorGAT a più di 50.000 sequenze genomiche, i ricercatori sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive di Sars-CoV-2 e di individuare le regioni del genoma che accumulano più mutazioni. «La parte più variabile del genoma di Sars-CoV-2 è associata a un elemento di struttura secondaria noto come s2m, che in questo coronavirus sembra avere una struttura meno efficiente e definita rispetto a quella osservata in altri virus dello stesso tipo», continua Pesole. «Benché le implicazioni funzionali di queste osservazioni non siano completamente chiare, è indubbio che l’applicazione su larga scala di CorGAT e di strumenti simili faciliterà lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di Sars-CoV-2, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini».
Fonte: 24 Italia de IlSole24Ore
